${HOME}/.gimp/scripts/ に置きます。 インタラクティブモードで 「拡張」→「Script-fu」→「Misc」のところにも見付かるはず。 もちろん、バッチ処理を意図して作ったんですが。

 ; scale48 -- 画像ファイルを 48x48 の大きさに Scale (拡大または縮小) してから、
 ;            png 形式で保存します。可視レイヤーは統合されます。
 ;
 ; USAGE: gimp -i -b '(scale48 "hoge.xcf" "hoge.png")'
 
 ; Memo:
 ;     Script-fu で呼べる関数の仕様などは、
 ;     GIMP のメニューバーの「拡張」→「DB Browser」で確認できます。
 
 (define (scale48 inFile outFile)
   (set! img (car (gimp-file-load 1 inFile inFile)))      ; ファイル読み込み
   (gimp-image-merge-visible-layers img 0)                ; 可視レイヤーの統合
   (gimp-image-scale img 48 48)                           ; Scale
   (set! drawable (car (gimp-image-active-drawable img))) ; drawable の獲得
 
   ; セーブ
   (file-png-save 1         ; run_mode, 0:interactive,1:non-interactive
 		 img       ; Input image
 		 drawable  ; drawable to save
 		 outFile   ; filename
 		 outFile   ; raw_filename
 		 0         ; Use Adam7 interlacing?
 		 9         ; Compress factor (0-9) 大きいほど高圧縮
 		 0         ; bkGD
 		 0         ; gAMA
 		 0         ; oFFs
 		 0         ; pHYs
 		 0)        ; tIME
   (gimp-quit 0))
 
 ; Register this script-fu.
 (script-fu-register "scale48"
                     _"<Toolbox>/Xtns/Script-Fu/Misc/scale48"
                     "Scale image to 48x48 and save as PNG."
                     "UNNO Hideyuki"
                     "Copyright 2008 (c) UNNO Hideyuki"
                     "2008-03-25"
                     ""
                     SF-VALUE "Infile"       "\"sample.xcf\""
                     SF-VALUE "Outfile"       "\"sample.png\""
                     )